南澳島是廣東省內(nèi)唯一的海島縣。位于閩、粵、臺(tái)三省交界海面，地理位置優(yōu)越。自古以來(lái)，南澳是東南沿海一帶通商的必經(jīng)泊點(diǎn)和中轉(zhuǎn)站。南澳城城墻遺址位于南澳縣深澳鎮(zhèn)金山村委會(huì)。據(jù)《南澳志》記載，明萬(wàn)歷四年(1576年)南澳城建成，“坐南朝北，高二丈二尺，厚五尺，圍五百丈，面寬七尺，皆甃以石，壕深八尺。”​2015年12月，南澳城城墻遺址被公布為省級(jí)文物保護(hù)單位。

清齊翀編《南澳志》記載，明代萬(wàn)歷三年（1575年）福建巡撫劉堯海上疏“竊思漳、潮之間以海為限，其海洋之南澳，地險(xiǎn)而沃，百谷所生，百貨所聚，惟地非分土，事在兩鄰，故往往為賊遁逃藪，而修船制器、市藥裹糧，百無(wú)所忌……今欲為兩省久安計(jì)，必先治南澳；欲治南澳，必先總事權(quán)……商民貿(mào)遷，類多奇貨。凡閩船入廣，廣船入閩，皆不能外南澳，即令該總兵批驗(yàn)，仍委文職一員兼同抽掣，以供該鎮(zhèn)兵費(fèi)。”同年詔設(shè)“閩粵南澳鎮(zhèn)”，置“協(xié)守漳潮等處專駐南澳副總兵”，“受兩省總兵節(jié)制，又制兩省之兵”。南澳設(shè)置之初就是由于其在東南沿海海防及往來(lái)貿(mào)易上的特殊地位。

萬(wàn)歷四年(1576年)，“深澳金山之陰”南澳城始建，后歷代多經(jīng)修筑。1918年正月初三，深澳發(fā)生7.25級(jí)大地震，南澳城譙樓、窩鋪、垣堞多被破壞。1959年，因南澳建設(shè)專區(qū)青年鹽場(chǎng)，城墻全部拆毀。今遺存南澳城城墻殘長(zhǎng)約40米，寬4米，城墻內(nèi)外為條石鋪筑，采用一順一丁干砌而成，中間填土，城墻保留明代條石構(gòu)筑風(fēng)格。在城墻內(nèi)有教師宿舍，城墻外周圍為農(nóng)田。離城墻約400米為深澳中學(xué)。由于年久失修，城墻中間填土流失嚴(yán)重，城墻雜草繁生。

從明萬(wàn)歷三年（1575年）設(shè)南澳副總兵，即“協(xié)守漳潮等處駐南澳副總兵”，分廣東、福建兩營(yíng)，起建南澳城，至1927年南澳縣治遷至隆澳即現(xiàn)后宅鎮(zhèn)，南澳城一直是南澳的政治軍事中心。南澳城城墻遺址的保護(hù)和考古工作，對(duì)研究明代南澳在經(jīng)濟(jì)、文化、交通、軍事、建筑等方面的發(fā)展具有重要的價(jià)值，也是一處佐證南澳自古在東南沿海海防及往來(lái)貿(mào)易上具有特殊地位的文物單位。

2015年12月10日，南澳古城墻被公布為第八批廣東省文物保護(hù)單位。